Program Pengajian Bil-Ghaib Program ini adalah merupakan bidang kekhususan bagi para santri yang ingin menghafal al-Qur-an,dengan sistem pengajian sorogan,yakni santri menyetorkan hafalannya kepada Pengasuh untuk disimak,dan ditashih bacaan serta hafalannya. Program Pengajian Bin-Nadhor Program ini sama sistemnya dengan program bil-Ghaib,hanya ada satu perbedaan,yakni ketika mereka disimak,santri program ini membawa dan membaca Al-Qur-an,untuk didengarkan dan ditashih bacaannya oleh Pengasuh maupun Ustadz/Ustadzah. Program Pengajian Qira-ah Sab'ah Peserta santri yang mengikuti program ini adalah mereka yang telah hafal Al-Quran secara keseluruhan,dan diutamakan yang benar-benar telah lancar hafalannya.Hal ini adalah disebabkan materi yang dipelajari pada program ini adalah Ilmu perbandingan antara Qira-ah menurut satu Imam,dengan satu Qira-ah menurut Imam lain yang jumlahnya tujuh orang(Qurra Sab'ah)yang masyhur. Program Riyadlah Peserta dari program ini diprioritaskan bagi mereka yang telah hafal Al-Qur-an sepenuhnya,walaupun tidak tertutup kemungkinan bagi yang belum hafal untuk mengikutunya.Program ini adalah melakukan Riyadlah dengan jalan mengkhatamkan Al-Qur-an sehari satu kali khataman,selama 41 (empat puluh satu)hari.Program ini dilaksanakan secara periodik dan (umumnya) dimulai setiap awal bulan Muharram.
